Aun con la dificultad que suponía para un represaliado republicano acceder a la Administración del Estado, Miguel Oliver Massutí ganó la oposición y obtuvo la plaza de Ayudante de Laboratorio del Instituto Español de Oceanografía el 16 de octubre de 1947 con un sueldo anual de 9.600 pesetas (documento original).
La guerra civil de 1936 marcó un antes y un después en todos los ámbitos de la actividad del país y lógicamente también en la del Instituto Español de Oceanografía y del Laboratorio de Baleares. El golpe de Estado del general Franco, en 1936, encontró a Odón de Buen, con 73 años, como Director en laboratorio de Palma donde fue encarcelado y que posteriormente escribió en sus memorias: «Yo no creía que en aquellos tranquilos y dulces isleños anidaran tantos y tan feroces asesinos».
Miquel Massutí Alzamora, ayudante de laboratorio en el laboratorio de Baleares, que había sido militante del Partido Republicano Federal y de Acción Republicana, fue encarcelado en noviembre de 1936, en calidad de detenido gubernativo hasta finales de diciembre en que pasó al Hospital Provincial al serle diagnosticada una tuberculosis fibrosa bilateral. Fue sometido a un expediente por la Comisión Depuradora que fue resuelto sin sanción, por lo que pudo volver al Laboratorio una al terminar la guerra.
En 1939, finalizada la guerra civil, el Instituto cumplía 25 años desde su creación. El personal del Instituto afín a la República se exilió o fue sometido a procesos de depuración con resultados diversos. En la disposición de 19 de enero de 1940 se determinaron de nuevo las funciones del Instituto. El Boletín Oficial del Estado publicó una disposición nombrando al almirante Jesús María de Rotaeche Rodríguez “como Director General del Instituto Español de Oceanografía a propuesta del Ministerio de Marina y previa deliberación del Consejo de Ministros” (firmado el 30 de diciembre de 1939, Año de la Victoria. Firmado por Francisco Franco) y Francisco de Paula Navarro Martín, hasta entonces Director del Laboratorio Oceanográfico de Baleares, fue nombrado Subdirector del Instituto. Miquel Massutí Alzamora quedó como Director del Laboratorio de Baleares.
En julio de 1940, necesitando el Instituto la incorporación de personal técnico a causa de los ceses y bajas producidas por procesos de depuración política, tanto en los Laboratorios Costeros como en los Centrales de Madrid, se abrió concurso, entre Licenciados en Ciencias Físicas, Químicas y Naturales, para cubrir nueve plazas de becarios.
El 26 de diciembre de 1941 se convocaron las primeras oposiciones después de la guerra para la provisión de ocho plazas de ayudantes de laboratorio del Instituto con una remuneración anual de 7.200 pesetas y unos aumentos quinquenales de 1000 pesetas. Solo podían opositar las personas que estuvieran en posesión de los certificados de aptitud que el Instituto expedía a sus becarios y alumnos libres.
Se incorporan los primeros becarios y se convocan las primeras oposiciones. En septiembre de 1940 Fernando Lozano Cabo, nacido en 1916, es nombrado becario junto con Olegario Rodríguez Martín.
En junio de 1945 Jesús María de Rotaeche y Rodríguez Llamas cesó como Director General del Instituto y fue sustituido por el contralmirante Rafael García Rodríguez.
En 1945 algunos de los que habían ingresado al terminar la guerra civil para colaborar en la reorganización del Instituto, considerando que su tarea había concluido o algunos otros también, al parecer, por la falta de perspectivas y por la exigua remuneración que percibían, solicitan la excedencia. En 1945 se convocan de nuevo plazas de Ayudante de Laboratorio.
En septiembre 1947 se convocan oposiciones a ayudante de laboratorio, de biología, de física y de química A todos ellos, tal como se hacía desde los inicios del Instituto y como se sigue haciendo hasta la oposición de 1974, se exigía ser o alumnos libres o becarios del Instituto.
Ganaron la oposición María Luisa González Sabariego, Ramón Fernández Crehuet, Miguel Oliver Massutí y Antonio Arévalo Arozena y quedó libre una plaza de física. En octubre de 1947, de acuerdo con las oposiciones celebradas en junio fueron nombrados Ayudantes de Laboratorio de Biología Miguel Oliver Massutí y Ramón Fernández Crehuet.
El caso de Miguel Oliver Massutí, fue uno de aquellos claramente marcados por las circunstancias de la posguerra. Como se relata en el capítulo de la guerra civil, en julio de 1936 había sido encarcelado y posteriormente internado en un campo de concentración en Tetuán. Liberado, en 1940, retomó los estudios de ciencias naturales en Barcelona se licenció en 1946. Su tío Miguel Massutí Alzamora, Director del laboratorio de Palma, lo animó a presentarse a las oposiciones a ayudantes de laboratorio que se convocaron en 1947. Ganada la plaza el Director General del Instituto, Almirante García Rodríguez, recibió fortísimas presiones desde Mallorca para que revocara su nombramiento, pero este se opuso enérgicamente y solo cedió en no destinarlo a Palma. Así que Miquel Oliver fue destinado al laboratorio de Vigo. En su diario personal figura la siguiente anotación con fecha 11 de enero del 1948, “lo que si es cierto, es que yo no podré ir a Mallorca. A pesar de que ya lo sospechaba no me gusta pensar mal. Yo he entrado en el Oceanográfico contra el gusto de alguien que no sé quien es, esperaban que yo no saliera y ahora me quieren hacer la vida imposible. Veremos en que acaba todo esto y en cualquier caso yo me considero por encima de estas miserias humanas”